Implementarea cu success a Programului Compact a reconfirmat importanța unei instituții capabile să implementeze eficient proiecte mari şi complexe de dezvoltare a infrastructurii. Din acest motiv, Fondul de Dezvoltare Durabilă Moldova în calitatea sa de entitate succesoare a Fondului Provocările Mileniului își propune să valorifice abilităţile şi experienţa acumulată în perioada Programului Compact, pentru elaborarea şi implementarea de proiecte noi, importante pentru dezvoltarea durabilă a Republicii Moldova.
Activitatea de promovare a capacității publice de implementare este axată pe diseminarea experienței și abilităților acumulate în perioada Programului Compact, pentru a putea servi drept model pentru agențiile și instituțiile Guvernului în gestionarea eficientă a fondurilor publice și a resurselor provenite din finanțări externe.
Principalale sarcini în cadrul acestei activități sunt centrate pe:
În activitatea sa, FDD Moldova promovează aplicarea celor mai bune practici de asigurare a transparenței și eficienței în implementarea programelor finanțate de către donatori. Instituția utilizează ghidurile Corporației Provocările Mileniului, precum și politicile și procedurile elaborate, în special în procesul de procurări, management financiar și administrativ, cît și managementul riscurilor. FDD Moldova va promova în special practicile utilizate în domeniul procurărilor precum: transparența procesului de achiziții de la etapa de inițiere pînă la adjudecarea contractelor. În domeniul managementului financiar vor fi promovate procedurile de aprobare și plată a livrabilelor, procedurile de bugetare, raportare si control. Un accent sporit va fi pus pe promovarea politicilor și procedurilor de combatere a fraudei și corupției, prin diseminarea exemplelor de coordonare a activităților desfășurate cu instituțiile de stat și internaționale, dar și cu beneficiarii proiectelor.