Activitatea Sustenabilitatea Resurselor de Apă are drept obiectiv principal consolidarea  capacităţilor Agenţiei Apele Moldovei și Asociațiilor Utilizatorilor de Apă pentru Irigare  pentru asigurarea managementului sistemelor centralizate de irigare reabilitate în Programul Compact pentru garantarea durabilității investiţiilor realizate. La fel, FDD Moldova va iniția și coordona consultări publice privind aspectele de mediu, asupra cărora au fost concentrate eforturile încă din perioada implementării programului.

FDD Moldova va servi drept centru de asistență acordată instituțiilor implicate în activităţile ce ţin de platforma 1 (eliberarea autorizațiilor de folosință specială a apei), platforma 2 – Sistemul Informațional a Resurselor de Apă (SIRA), platforma ține de stocarea  datelor privind resursele de apă și modelarea hidrologică cu componenta sistemului informațional de date geospațiale şi platforma 3 prin intermediul căreia se asigură  managementul bazinului hidrografic de pe rîul Nistru, elaborate în cadrul programului Compact, precum şi va susține actualizarea Legii apelor și Legii privind AUAI.

Reieșind din cele menționate mai sus, sarcinile principale ale activității sunt:

• Asigurarea suportului pentru dezvoltarea capacităţilor Agenţiei Apele Moldovei şi ale altor instituţii subordonate Ministerului Mediului de soluţionare cît mai eficientă a necesităţilor AUAI şi utilizare eficientă a resurselor de apă din bazinele hidrografice;
• Stabilirea şi asigurarea suportului imediat şi pe termen scurt în domeniul juridic, tehnic şi financiar pentru cele 10 AUAI create în zonele sistemelor centralizate de irigare (SCI) reabilitate în cadrul Programului Compact pentru a dezvolta capacităţile lor de gestionare a bunurilor de irigare şi susţinerea altor AUAI interesate în transferul managementului infrastructurii de irigare în conformitate cu Legea privind AUAI;
• Facilitarea perfecţionării şi implementării Planului de management al bazinului hidrografic pe rîul Nistru, elaborat în cadrul Activităţii Reforma Sectorului de Irigare;
• Promovarea investiţiilor paralele sau comune în sustenabilitatea activităţilor în domeniul resurselor de apă în rîndul instituţiilor guvernamentale, donatorilor, sectorului privat şi al altor factori interesaţi.