Activitatea Sustenabilitatea Resurselor de Apă are drept obiectiv principal consolidarea capacităţilor Agenţiei Apele Moldovei și Asociațiilor Utilizatorilor de Apă pentru Irigare pentru asigurarea managementului sistemelor centralizate de irigare reabilitate în Programul Compact pentru garantarea durabilității investiţiilor realizate. La fel, FDD Moldova va iniția și coordona consultări publice privind aspectele de mediu, asupra cărora au fost concentrate eforturile încă din perioada implementării programului.
FDD Moldova va servi drept centru de asistență acordată instituțiilor implicate în activităţile ce ţin de platforma 1 (eliberarea autorizațiilor de folosință specială a apei), platforma 2 – Sistemul Informațional a Resurselor de Apă (SIRA), platforma ține de stocarea datelor privind resursele de apă și modelarea hidrologică cu componenta sistemului informațional de date geospațiale şi platforma 3 prin intermediul căreia se asigură managementul bazinului hidrografic de pe rîul Nistru, elaborate în cadrul programului Compact, precum şi va susține actualizarea Legii apelor și Legii privind AUAI.
Reieșind din cele menționate mai sus, sarcinile principale ale activității sunt: