Comitetul executiv al FDD Moldova este un organ colegial independent, abilitat să adopte decizii pe marginea unui număr limitat de subiecte, principale dintre care sunt:

• examinarea şi aprobarea dărilor de seamă ale Instituţiei, conform acordurilor proiectelor;
• aprobarea regulamentelor interne şi a manualelor operaţionale ale Instituţiei;
• alte atribuții delegate de Consiliul de observatori al Instituției etc.

Membrii Comitetului executiv sunt preşedintele Consiliului de observatori (în calitate de preşedinte al Comitetului executiv), reprezentant al societăţii civile sau sectorului privat din Consiliul de observatori şi directorul executiv al Instituţiei.